A sportot elsősorban a haladó gondolkodású tisztviselők és kereskedők, valamint a foglalkozásuknál fogva mozgékony vasúti és ipari alkalmazottak támogatták. Fölfigyeltek a testedzés egészségvédő, emberformáló, társadalmi osztályokat összekötő szerepére, s lázas gyorsasággal kezdtek hozzá a magyar sportélet kiépítéséhez. 1896-ban Magyarország már nemcsak képviseltette magát Athénban az első újkori olimpiai játékokon, de két tengeri úszószámban Hajós Alfréd révén már aranyérmekhez is jutott. 1897-ben Budapesten lejátszották országunkban az első futballmérkőzést, s 1901-ben a fővárosi egyesületek megalakították a Magyar Labdarúgók Szövetségét.
Isaszegen a futball club – a vidéket tekintve – az elsők között, már 1907-ben megalakult. Erről – legújabb kutatásaim szerint – a vasárnaponként megjelenő Gödöllői Hírlap VI. évfolyamának 1908. július 19-én megjelent száma a következőképpen tudósított: „Football verseny Isaszegen. Az Isaszegi Football Club és a Hatvani Torna Egylet folyó hó 12-én tartotta mérkőzését. A fiatal isaszegi egylet, mely a múlt évben alakult, igen szép összjátékot produkált. Az első gólt is ők adták, amit a hatvaniak még az első félidőben kiegyenlítettek. A második félidőben a Hatvani Torna Egylet megszerezte a második gólt, amit az isaszegiek
kiegyenlítettek ugyan, de a bíró nem ítélte meg. Így az eredmény 1:2 volt a hatvaniak javára.” Ugyanerről a mérkőzésről a Budapesti Hírlap 1908. július 16-án a következőket írta: „Labdarúgás a vidéken. Az alig egy esztendős Hatvani Torna Klub futball csapata vasárnap délelőtt mérkőzött Isaszegen az Isaszegi Football Klub-bal. Az eredmény 2:1 volt a hatvani csapat javára.” Ettől kezdve a fővárosi újságok rendszeresen közölték az Isaszegi FC mérkőzéseinek eredményeit is.
1911 nyarán az MLSZ elnöksége felhívást intézett a vidéki egyesületekhez, hogy ne csak barátságos mérkőzéseket játszanak egymással, hanem jelentkezzenek a szövetség által kiírt bajnokságokra is. Ennek feltétele az volt, hogy rendelkezzenek a Belügyminisztérium által jóváhagyott alapszabállyal, s legalább két olyan mérkőzéssel, amelyen a szövetség által delegált játékvezető bíráskodott. Ennek hatására a jogutódnak tekinthető Isaszegi Sport Egyesület 1912. május hó 4-én megtartott rendkívüli közgyűlése fogadta el az alapszabályát, melyet a belügyminiszter 1912. október 19-én hagyott jóvá, s amelynek 11 oldalt kitevő szövege a PestPilis-Solt-Kiskun vármegye egyesületi alapszabályainak gyűjteményében 38066/912. alispáni számmal iktatva szerepel.
Dr. Földessy Jánosnak 1926-ban megjelent „A magyar futball és a Magyar Labdarúgók Szövetsége” című könyvében az Isaszegi Sport Egyletről a következők olvashatók: „1911. évi alapításában Földi Istváné és Rák Jánosé a fő érdem. A háborúig a középmagyarországi kerületnek egyik legerősebb együttese. 1912-ben a Soroksárpéteri TK elleni bajnoki mérkőzésen kivívott 27:0-ás eredménye kerületi rekord.” Ugyanezen könyv az 1912/13. bajnoki év végeredményeit is tartalmazza. Az MLSZ Pestvidéki kerületének Soroksári alosztályában a sorrend a következő volt: 1. Váci SE, 2. Rákosligeti SE, 3. Soroksári AC, 4. Isaszegi SE, 5. Kistarcsai AC, 6. Szentlőrinci AC, 7. Soroksárpéteri AC, 8. Péceli AC. A Pestvidéki kerület másik, Kecskeméti alosztályában akkoriban a mai Pest Megyéből csak a Monori SE, a Vecsési SE, és a Ceglédi SE szerepelt még. Az ebben a könyvben írt 1911-es alapítási év szolgált az egyesület 50, 75 és 100 éves ünnepségeinek megrendezésére is, amely helyett azonban a jövőben a Gödöllői Hírlapban közölt korábbi, 1907-es alapítási évet szükséges elfogadnunk.
A futballpálya kezdetben a Gödöllői (a mai Kossuth) út, a Liszt Ferenc köz és a Wesselényi utca közötti területen, az akkori katonai gyakorlótér község felé eső szélén volt. Az I. világháború évei az országban a bajnokságok szüneteltetését idézték elő, Isaszegen pedig a futballpálya házhelyekké történő felparcellázása még további nehézséggel is járt. 1920 tavaszán a Valkói (a mai Madách) út, Táncsics utca és a Zrínyi utca közötti területen sikerült újabb pályát létrehozni, majd 1923-ban a Dányi (a mai Ady Endre) út jobb oldalának végében, – a Koronauradalom által az elemi iskola számára játszótérnek adományozott területen – volt lehetőség labdarúgópályát kialakítani, amely 1962-ig volt használatban. Öltöző és mosdó helysége ezeknek a pályáknak sohasem volt, erre a célra a sportegyesületet anyagilag is támogató vendéglősök biztosítottak helyet üzleteikben.
1959-ben a község vezetése egy új sporttelep létrehozásáról határozott a Rózsa utca, Thököly utca és a Nagy Sándor utca által határolt, akkor még kisebb tavakkal és bombatölcsérekkel tűzdelt területen. A Rózsa-utcai pálya felavatására 1962. szeptember 30-án került sor, öltöző épülete pedig 1963 őszére készült el, amelyek ma is az isaszegi sport szolgálatában állnak.
Az egyesület neve a támogatást nyújtó szervezettől függően többször is változott. Az 1921. évi 53. törvénycikkely hívta életre a levente intézményt. Ennek keretében előírták 21 éves korig a már iskolába nem járó fiatalok kötelező testnevelési foglalkoztatását. A vidéki fiatalok itt találkoztak először sportversenyekkel és kulturális rendezvényekkel, lehetőségük volt színjátszó előadásokban fellépni, dalárdákban énekelni, fúvós zenekarokban muzsikálni. Isaszegen a Levente Egyesület 1925-ben jött létre, a levente-otthon pedig a Péceli (a mai Rákóczi) úton lévő egészségház épülete volt. A Dányi úti pálya mellett 1932-ben 6 lőállású, 50 méter lőtávolságú lőtér épült, amelyet 1936-ban fedett lőállással, s a lőtér mögött felépített szertárral is kiegészítettek. Így az atlétikai gyakorlatok mellett lehetőség volt 6 mm átmérőjű, FÉG gyártmányú puskákkal történő lövészetre is. Isaszegen a Levente Egyesületen belül 1933-ban sportszakosztály kezdte meg a működését, melynek keretében a településen először jött létre ifjúsági labdarúgó csapat, amely a körzetben rögtön bajnokságot is nyert. Ennek a következménye volt, hogy az Isaszegi SE fuzionált a Levente Egyesülettel, s az 1934/35-ös labdarúgó felnőtt bajnokságban már Isaszegi Levente néven vett részt.
Mivel a Levente Egyesület csak 21 éves korig támogathatta a sportolást, 1936 nyarán ment át a labdarúgó szakosztály a Magyar Országos Véderő Egylet (MOVE) helyi szervezetébe. A MOVE 1918-ban az I. világháborúban részt vett tisztek bajtársi szövetségeként jött létre, Isaszegen pedig 1927-ben alakult meg. A településen elsősorban lövész szakosztályt működtetett, s ebben a sportágban rendezett rendszeresen gyakorlatokat, vadászatokat és versenyeket. Székhelyük a vasútállomás közelében, a Rózsa utcában 2010 körül lebontott Gyarmati (Grósz) vendéglő volt. A labdarúgó csapat Isaszegi MOVE néven 1944 őszéig szerepelt, amikortól a II. világháború harcai a bajnokságok szüneteltetését okozták.
A sportkör 1945-ben az Isaszegi Barátság Sport Egyesület nevet vette fel, s az 1946/47 évi bajnokságban már így szerepelt. Mivel a községből több személy dolgozott a Magyar Posta fővárosi üzemeiben, sikerült onnan támogatást kapni, ezért 1948. és 1952. között Isaszegi Postás SE néven játszottak a labdarúgók.
1950-ben a közigazgatással együtt átszervezték a labdarúgó bajnokságokat is. Megszüntették a Középmagyar Labdarúgó Alszövetséget, s bevezették a megyei bajnokságokat. Isaszeg csapata így a megyei I. osztályban folytatta a küzdelmeket. 1953-tól 55-ig az Isaszeg határában felépített Gödöllői Gépgyár támogatta az egyesületet, így az 1955-ig Isaszegi Vasas SE néven szerepelt immár a Pest megyei bajnokságban. 1955-ben megszűnt a Gödöllői Gépgyár támogatása, s így ismét névváltozás következett: az egyesület akkor vette fel az Isaszegi Községi Sportkör nevet, amelyet 2008-ig viselt. Ekkor – a település várossá avatását követően – vette vissza az Isaszegi Sport Egyesület nevet, melyet a mai napig is visel.
1971 és 74 között női labdarúgó szakosztály is működött, amely szép eredményeket ért el neves fővárosi egyesületekkel szemben is. 1979 októberében jött létre a sakk szakosztály, amely 1990-ig működött. 1983-ban kerültek fel a megyei II. osztályból az I. osztályba, ahol 1986-ban érték el legjobb eredményüket: a 2. helyen végeztek. Az 1970-től 1990-ig létezett asztalitenisz szakosztály elsősorban házi versenyeket szervezett. 1980-ban alakult meg a női kézilabda szakosztály, amely 2002-ig a lányoknak biztosított sportolási lehetőséget. A megyei bajnokság szupercsoportjában az NB-II.-be való feljutást is kiharcolták, amely osztályt azonban az egyesület – az előírásoknak megfelelő pálya és anyagi támogatás híján – már nem tudta felvállalni